“总规”第三章阐述了平潭综合实验区发展布局；对各功能区发展定位作出了明确规定。

海坛岛是平潭的核心区域。要通过组团推进、分时序开发，逐步构建分工合理、功能互补、协调发展的空间开发格局。海坛岛可划分为中心商务区、港口经贸区、高新技术产业区、科技研发区、文化教育区、旅游休闲区。

其中的中心商务区，位于海坛岛东中部，重点布局发展两岸合作的高端商务、金融保险、行政办公、高尚居住及旅游服务设施。旅游休闲区，主要位于海坛岛东南部的坛南湾组团及邻近岛礁，充分发挥天然海滨沙滩、海蚀地貌等独特海岛旅游资源优势，加强海峡两岸旅游合作，积极发展海上运动、养生保健等旅游休闲产业，加快滨海度假酒店及配套服务设施建设，逐步建成国际知名的观光旅游休闲度假区。

屿头岛、大（小）练岛、东（小）庠岛、塘屿岛、草屿岛等附属岛屿，是平潭的重要组成部分。屿头岛主要发展高端居住区、休闲度假区及海洋文物区，建设沉船博物馆和海底文物研究中心、沉船打捞技术研究中心。大练岛主要发展特色船舶（含游艇）修造产业。东庠岛主要发展海洋观光渔业。草屿岛规划建设台湾海峡海上补给基地。塘屿岛规划发展为高端度假区。

“总规”还提出，抓紧实施从福清应急调水工程，满足近中期开发建设用水需求。积极开展中远期从闽江大樟溪调水工程项目的前期工作。