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2016年11月底，中央环保督察组对北京、上海等七省市启动第二批环保督察，从4月11日开始，督察组向陕西、上海、北京和重庆反馈了督察情况。

督察组认为，2013年以来北京将生态文明建设和环境保护摆到更加重要位置。但是部分基层干部习惯谈到大气污染就强调区域外来输入，谈到水污染就强调水资源不足，对主观原因和自身工作问题认识不足。2014年怀柔等7个区清洁空气行动计划考核结果为不合格，但至今未对有关单位和个人实施问责。北京市对重型柴油车和非道路移动机械污染防控不力，存在花钱过关现象。

2013年以来，上海市环保工作总体走在全国前列。但是生态环境质量依然是影响城市整体发展的一个突出短板。上海市水务部门有法不依、处罚不严，导致一些工业企业超标纳管问题长期存在。上海市现有危险化学品仓储企业73家，其中32家未经环评审批。

2013年以来重庆环境质量持续改善。但是与中央要求和群众期盼相比，重庆市环保工作还存在一定差距。在水环境保护方面存在重干流轻支流、重城市轻农村等问题。

2013年以来，陕西省生态环保工作取得积极进展。但是一些地区和部门对环境保护有关要求落实不到位，部分区域流域环境质量有所下降，局部生态环境破坏问题较为突出。